海洋生態保護與建設子系統主要用于開展保護區建設管理、生態環境評價及項目管理；海洋生物物種信息、海洋保護物種信息、海洋入侵生物物種信息的管理，海洋生物多樣性評估；典型生態系統信息及生態狀況評價；生態修復項目的申請審批及成果管理；生態紅線管理評估與建設項目預警；生態文明示范區申請審批與管理成效評估；海洋生態補償項目和生態損害賠償項目管理等工作。

海洋生態保護與建設子系統包括海洋保護區建設與管理、海洋生物多樣性保護、海洋生態系統保護、海洋生態紅線區管理、生態文明示范區管理、海洋生態補償/賠償管理6個一級功能模塊。