海洋污染監控與防治子系統主要用于全面掌握我國入海污染源基本信息；根據業務化監測資料對全國入海排污口、入海江河等污染源及其鄰近海域進行評價；以總量控制/減排方案和監測評價為基礎，對入海污染源達標/減排目標進行的實時監控；通過接入國家和地方建立的入海污染源實時自動監測系統，建立預警機制，對違規排污發出報警信號。

海洋污染監控與防治子系統包括入海污染源管理、入海污染源狀況評價、總量控制與減排管理、入海污染源在線監控4個一級功能模塊。